Les pratiques consistent en prières, récitations de mantras et méditations. Elles ont lieu en alternance avec les enseignements.
Mantras et méditations peuvent être suivies par tous, tandis que les pratiques de Lama Tsong Khapa s’adressent plus particulièrement aux bouddhistes pratiquants.

La pratique des mantras consiste en la récitation de différents mantras associés à la compassion (mantra de Chenrézi), à la sagesse (mantra de manjushri), etc.

Les méditations portent sur le Lam Rim ("La Voie Graduée qui culmine en l'éveil d'un Bouddha"). Il s'agit d'un ensemble de méditations traditionnelles dans le bouddhisme tibétain ; celles-ci comprennent par exemple des méditations sur l'impermanence, l'amour, la compassion, etc.
Elles consistent en récitations de mantras, visualisations, méditations analytiques et exercices de concentration.

Des pratiques du Ganden Lha Guia Ma (yoga du Maître, de Djé Tsongkhapa) sont régulièrement organisées. Le Ganden Lha Guia Ma est une pratique importante centrée sur Djé Tsong Khapa, fondateur de l'école Guélougpa.